Stockoplossingen

Voor al je opdrachten van school, werk of al het andere waar je niet uit kan komen, ook voor je lastige vraagstelling waar je niet uit kan komen.Zowel chemie als andere onderwerpen mogen hier behandeld worden.
Post Reply
saskiia-90
Elektron
Posts: 8
Joined: 18 Dec 2011, 15:20

Stockoplossingen

Post by saskiia-90 » 18 Dec 2011, 15:28

Vraagje, de primers en probes moeten worden opgelost tot stockoplossingen van 20 uM. Hoeveel water moet er worden toegevoegd om de stockoplossing van 20 uM te maken.

volume water
Fw 1 Forward gen 14,0 -
Rev 1 Reverse gen 12,5 -
Probe 1 Probe gen 17,9 -
Fw 2 Forward genoom 14,1 -
Rev 2 Reverse genoom 16,4 -
Probe 2 Probe genoom 11,9 -

De eindconcentratie van de primers in de realtime PCR wordt 0,2 uM en van de probes 0,05 tot 0,1 uM, afhankelijk van de probe. Bereken nu hoeveel PCR’s je kunt doen met deze batch primers en probes. Het volume van 1 PCR-reactie is 25 ul. Ga uit van een probeconcentratie van 0,1 uM. Tip: Bereken het aantal PCR’s van de oligo waar je het minst van hebt maar houdt rekening met de probeconcentratie.

Ik snap er helemaal niets van dus graag met uitleg erbij hoe ik het moet doen.

User avatar
Reap
Argon
Posts: 681
Joined: 15 Sep 2011, 16:03
Chemistry interests: Inorganic
Location: Regio Eindhoven

Re: Stockoplossingen

Post by Reap » 18 Dec 2011, 15:57

Dit moet waarschijnlijk in het vraagstellingen topic staan.

Wat zijn die getallen achter de probe/primer naamgeving?
Is het voor een multiplex PCR of niet?
Hoeveelheid probes ligt aan de techniek die erachter ligt. (meestal Taqman of sybr-green)
Omdat taqman afgebroken wordt en sybrgreen intercaleert met DS DNA (en dus niet afgebroken wordt).
Hoeveel sample wordt er gebruikt?

saskiia-90
Elektron
Posts: 8
Joined: 18 Dec 2011, 15:20

Re: Stockoplossingen

Post by saskiia-90 » 18 Dec 2011, 16:24

dit is het hele verhaal:

De primers en probes die je besteld hebt zijn binnengekomen. We hebben een synthese van 25 nanomol (25 nMol). Omdat de synthese zelden een opbrengst van 100% heeft worden de primers en probes gezuiverd. De opbrengst per primer of probe varieert dan ook. In de tabel staan de primers en probes met de opbrengst. Deze oligonucleotiden komen binnen als vaste stof (een heel klein pelletje onder in een 1,5 ml cupje). De primers en probes moeten worden opgelost tot stockoplossingen van 20 uM. Aan jou de taak uit te rekenen hoeveel water er moet worden toegevoegd om de stockoplossing van 20 uM te maken.

Nu moet ik een tabel invullen waarin de opbrengst in nMol al is gegeven (dat zijn die getallen achter de oligo) dus bij de eerste, Forward gen is dat 14,0 nMol. Nu is de vraag hoeveel water moet er toegevoegd worden tot 20 uM (in ul)?

User avatar
Reap
Argon
Posts: 681
Joined: 15 Sep 2011, 16:03
Chemistry interests: Inorganic
Location: Regio Eindhoven

Re: Stockoplossingen

Post by Reap » 18 Dec 2011, 17:55

mol / liter = molair

met die formule kom je een heel eind, vul in en reken uit.

fwd 1 primer :
1,4*10^-8 / liter = 2,0*10^-5

en met logisch nadenken kom je er ook wel uit dan wat vervolgens de vraag is hoeveel PCRs je kan runnen.

saskiia-90
Elektron
Posts: 8
Joined: 18 Dec 2011, 15:20

Re: Stockoplossingen

Post by saskiia-90 » 19 Dec 2011, 10:08

Dus dan kom het volgende eruit?

fwd 1 primer :
1,4*10^-8 / liter = 2,0*10^-5
1,4*10^-8 /2,0*10^-5 = 7,0*10^-4 liter
7,0*10^-4 liter = 700 ul

User avatar
Reap
Argon
Posts: 681
Joined: 15 Sep 2011, 16:03
Chemistry interests: Inorganic
Location: Regio Eindhoven

Re: Stockoplossingen

Post by Reap » 19 Dec 2011, 18:38

ja volgensmij klopt dat wel.
Als je dit doet voor het reagens waarvan je het minste hebt, en je kijkt dan hoeveel ul je daarvan hebt en hoeveel je nodig hebt bij PCR, kan je ook het aantal mogelijke PCRs uitrekenen.

saskiia-90
Elektron
Posts: 8
Joined: 18 Dec 2011, 15:20

Re: Stockoplossingen

Post by saskiia-90 » 19 Dec 2011, 19:33

Okee, heel erg bedankt!!

saskiia-90
Elektron
Posts: 8
Joined: 18 Dec 2011, 15:20

Re: Stockoplossingen

Post by saskiia-90 » 21 Dec 2011, 12:22

Zou je misschien dit nog uit kunnen leggen?

De eindconcentratie van de primers in de realtime PCR wordt 0,2 uM en van de probes 0,05 tot 0,1 uM, afhankelijk van de probe. Bereken nu hoeveel PCR’s je kunt doen met deze batch primers en probes. Het volume van 1 PCR-reactie is 25 ul. Ga uit van een probeconcentratie van 0,1 uM. Tip: Bereken het aantal PCR’s van de oligo waar je het minst van hebt maar houdt rekening met de probeconcentratie.

Probe 2 Probe genoom opbrengst nMol = 11,9 Volume water tot 20 uM = 595

User avatar
Reap
Argon
Posts: 681
Joined: 15 Sep 2011, 16:03
Chemistry interests: Inorganic
Location: Regio Eindhoven

Re: Stockoplossingen

Post by Reap » 21 Dec 2011, 16:52

Reken eerst uit hoeveel mol probe je moet hebben in 25ul voor de gewenste concentratie.
die mol/door wat je hebt aan mol = antwoord.
Vergeet niet dat je moet weten welke probe welke concentratie moet hebben.

Post Reply

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 3 guests